Fakultas Ekonomi dan Bisnis saat ini telah merintis dan menjalin kerjasama dengan berbagai pihak. Kemitraan dan kerjasama ini diharapkan menunjang pengembangan Fakultas Ekonomi dan Bisnis ke depan, meningkatkan kualitas proses pembelajaran dan lulusan Sarjana Ekonomi yang mampu bersaing di tantangan global. Beberapa institusi dan mitra kerjasama yang sudah terjalin, baik institusi dalam negeri maupun luar negeri adalah sebagai berikut:
A. Mitra Institusi Dalam Negeri
- BNI
- BSM
- BPD Syariah
- Universitas Islam Indonesia
- BMT Surya Asa Artha
- CV. Java and Co
- MAN 2 Wates Kulon Progo
- UMKM Pundong Parangtritis
- PT. Nata Cipta Mulya
- Universitas Gajah Mada
- PT. Pos Indonesia
- PT. Penggadaian
- PT. Biofarma
- Dinas Kominfo Bantul
- Radio Persatuan Bantul
- PT. Indomarco
B. Mitra Intitusi Luar Negeri
- Krupanidhi Group Institusion
- VIA (Volunter in Asia)
- College Management Taiwan Medical University
- Universitas Islam Sultan Syarif Ali Brunei Darusalam
- Prince Songkla University
